Политичку каријеру Кристијана Шмита обиљежили су бројни скандали, а његови противници подсјећају да је мјесто министра пољопривреде изгубио због скандала са одобравањем употребе пестицида. Ипак, највећи скандал, који је касније заташкан, био је 2007. године, када је као државни секретар за одбрану Шмит покушао да рехабилитује нацистичког пилота Вернера Молдерса, наведено је у извјештају Центра за друштвено-политичка истраживања Републике Српске, који се базира на критичким извјештајима њемачких медија.
У извјештају подсјећају да је њемачки часопис „Контрасте” писао да је њемачки министар одбране Петер Штрук 2005. забранио да једна јединица ваздухопловства носи име по Молдерсу, али је, како наводе, двије године касније Шмит ипак покренуо иницијативу за рехабилитацију овог пилота Луфтвафеа – ратног ваздухопловства нацистичког њемачког Вермахта – ког је одликовао Хитлер. Но, Шмит је стао у одбрану нацистичког хероја Молдерса, рекавши на телевизији да нацистички пилот „нема смеђе флеке на прслуку”. Такав став актуелног (не)легалног намјесника за БиХ својевремено је наишао на реакцију њемачке јавности, гдје су га подсјећали да је у злочинима учествовала и Легија „Кондор”, којој је припадао и Молдерс.
Њемачки посланик Грегор Гизи с групом посланика из политичке партије Линке обратио се 2006. године тим поводом њемачком парламенту. У Гизијевом писму приговарало се Шмиту јер је члан групе „Круг припадника друштва брдских трупа”, чији је вођа био нацистички СС генерал Хуберт Ланц, кога се ова организација још није одрекла, а који је и сам свједочио о геноциду у НДХ. Како се наводи у извјештају центра из Бањалуке, државни секретар за одбрану Кристијан Шмит „неистинито је одговарао на питања посланика Бундестага о традицији Вермахта” која се одржава у част брдским трупама. „Брдске трупе немају злочиначку прошлост”, говорио је он.
Сем тога, сарадници овог центра из РС дошли су до информација да су баварски министар науке Томас Гопел и државни секретар Шмит (који сада „брине” о култури сећања о Сребреници) 2007. у Митенвелду обеиљежили годишњицу заједно с ратним злочинцем Јозефом Шонграбером, бившим командантом њемачког брдског пјешадијског батаљона. Спорно је, међутим, то што је у септембру 2006. Јозеф Шонграбер у одсуству осуђен на доживотну затворску казну од стране војног суда у Специји због масакра у Фалкано ди Кортони у Италији. Његова јединица затворила је 15 цивила у сеоску кућу и разнијела је. Погинули су сви у кући, осим 15-годишњег дјечака. Пресуда на доживотну казну затвора потврђена је 2009. године, наводе у бањалучком центру.
У позадини вреле ситуације у БиХ налази се борба за имовину, то јест на сцени је покушај дијела западних представника да створе климу у друштву која би погодовала пререгистрацији јавних добара РС на Сарајево. Након што је (не)именовани супервизор наметнуо законе и омогућио подизање оптужнице против Милорада Додика – јер је предсједник РС мимо његове воље потписао указе о „суспензији супервизије” у Српској – рат се преселио и на вербални план. Шмит је пред сарајевским медијима користио необичне метафоре, поредећи понашање његових опонената с „мајмунима у циркусу”, што није било први пут, јер да му терминологија није јача страна показао је и према партнерима у ФБиХ, који су својевремено били „смеће, обично смеће”.
